Генетическая паспортизация линий лабораторных животных для оценки их чистоты и гомогенности

  • Евгений Александрович Климов Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Москва, Россия

Аннотация

Генетическая паспортизация животных успешно применяется в сельском хозяйстве многих стран. В генетический паспорт животного могут входить как данные об ассоциированных с хозяйственно-полезными признаками генотипах, так и данные о генетической принадлежности к породе/линии. Подобная информация необходима и для пород/линий лабораторных животных. Необходимость генетического паспорта обусловлена тем, что многие линии отличаются от исходных пород по следующим причинам: 1) линия давно разводится без привлечения особей из других линий породы, 2) начало линии положено небольшим числом животных, вследствие чего может проявиться эффект основателя. Эти факторы приводят к большой генетической гетерогенности линий одной породы, что, несомненно, сказывается на результатах исследовательских работ. Стандартизовать подобные исследования не представляется возможным. Таким образом, необходим строгий контроль генетической однородности разводимых пород лабораторных животных. Рассмотрим основные возможные подходы для генетической паспортизации.В качестве методов оценки генетического разнообразия/гетерогенности можно использовать следующие подходы, основанные на различных молекулярно-генетических методах и используемые в настоящий момент в животноводстве. 1. Микросателлитный анализ, позволяет генетически дифференцировать между собой особей, линии и породы. Требует предварительной исследовательской работы для создания панели маркеров. 2. Массовый SNV анализ, позволяет дифференцировать особей и линии. Для внедрения требуется основательное исследование распределения в породах/линиях частот SNV (не определённых на сегодня). 3. Полногеномное или полноэкзомное сиквенирование позволит сравнивать геномы особей. С учётом большого объёма выборок метод, которые необходимо предварительно обработать, является экономически нецелесообразным на данный момент. 4. ISSR анализ. На возможностях этого метода остановимся подробнее, так как он представляется наиболее целесообразным как с точки зрения его возможностей, так и с точки зрения экономической целесообразности.Межмикросателлитные (ISSR, InterSimpleSequenceRepeats) последовательности обладают полиморфизмом, основанным на их различной представленности после проведения ПЦР с праймерами к микросателлитным повторам.ISSR анализ позволяет дифференцировать не только виды/рода/семейства между собой, но и породы, а также, что особенно важно, отлично дифференцирует линии внутри пород. Это позволяет оценивать генетическую «чистоту» порода и линий.ISSR анализ это сравнительно быстрый и дешёвый метод, обладающий относительно высокой точностью и воспроизводимостью. Недостаток метода – локализация в геноме продуктов амплификации, так же как и их функция, остаются неизвестными. Между тем, метод хорошо зарекомендовал себя в качестве инструмента оценки генетической однородности и «чистоты» в животноводстве[1]. Апробация данного метода на породах и линиях лабораторных животных позволит создать недорогой и эффективный метод стандартизации пород и линий.

Литература

1. Столповский Ю.А., Лазебный О.Е., Столповский К.Ю., Cулимова Г.Е., Генетика, 46(6),825-833 (2010).
Опубликован
2017-07-28
Раздел
Материалы конференций